Duchovní služba spočívá v nabídce duchovního rozhovoru či doprovázení, bohoslužeb a svátostí, biblických a meditačních setkání, duchovních obnov apod. Za duchovní službu zodpovídá školní kaplan Ladislav Heryán, který je k dispozici k rozhovoru kdykoli po domluvě přes telefon, e-mail nebo facebook, případně ve středu v konzultačních hodinách v kabinetě a v úterý od 20.00 v klubu Vzducholoď.

Na duchovní službě se podílejí zejména členové Místní komunity Salesiánů dona Boska, která sídlí v budově Jaboku. Představeným komunity je ředitel školy Alois Křišťan. Členem komunity je dále Ladislav Heryán. Z dalších salesiánů se na Jaboku duchovní služby účastní Pavel Kuchař, Michal Kaplánek a Michael Martinek.

Bohoslužby pro studenty se konají:

• v pondělí v 19,00,
• ve čtvrtek v 7,30.

Bohoslužba pro zaměstnance je:

• v pátek v 11,45.

Bohoslužby se nekonají během prázdnin a státních svátků.