Výuka na Jaboku byla zahájena 1. září 1993. Původní projekt vycházel ze vzdělávacího programu Malá teologie, který byl realizován tajně v době komunismu od r. 1979. Nový vzdělávací program, v němž na teologii navazovala výuka sociální práce a sociální pedagogiky, byl během dalších let postupně aktualizován a zkvalitňován.

Dálkové studium Jaboku původně pokračovalo v programu Malé teologie, později se však začalo také více orientovat na sociální oblast. Mezi lety 2004 a 2013 nebylo dálkové studium otevřeno a bylo nahrazeno kombinovanou formou studia ve spolupráci s Evangelickou teologickou fakultou Univerzity Karlovy. Od školního roku 2013/2014 je dálkové studium znovu otevřeno.

V roce 1999 byla uzavřena smlouva o spolupráci mezi Jabokem a Evangelickou teologickou fakultou Univerzity Karlovy.

V roce 2006 byla na základě nového školského zákona změněna právní forma školy: místo dosavadní církevní právnické osoby se stala školskou právnickou osobou.

V roce 2007 bylo založeno v rámci VOŠ Jabok Centrum dalšího vzdělávání, které připravuje kurzy dalšího vzdělávání pro pracovníky v sociálních službách a pro pedagogické pracovníky.

Od roku 2016  je naším novým zaměřením Speciální pedagogika.